孙耀志认为，工业发展转型，除了技术的升级换代外，更重要的是思想观念的转变。传统经方药，尤其是经过几百上千年验证，现在仍在使用的那些经典名方，象张仲景《伤寒论》的小柴胡汤、桂枝汤、四逆散等等，现在仍然是中医诊疗中最基础、最常用的方剂。还有象六味地黄丸、乌鸡白凤丸这些成药等等，因为它有效，确确实实能治病，给身体带来好处，在市场以及老百姓的心目中的认知也是非常高的。

这些经方药在工业的转型升级要如何做，孙耀志认为应该从现代人的需求出发去求解。现代人对传统中药丸散膏丹的剂型越来越不习惯，不喜欢服用剂量大，对中药苦涩的味道也常常是难以接受。最主要的，中医传统的语言表述晦涩难懂，阴阳虚实、表里热寒无从分辨，这也是中医药现代化、国际化的一大障碍。

所以，他提出要将传统中医药的专业述语“翻译”过来，用现代述语去描述经方药的治疗机理、功效、说明书等，让人们更容易理解。他举六味地黄丸为例。很多人知道六味地黄丸是补肾的，但是具体什么样症状的人需要服用，说明书中功效只有简单的描述：滋阴补肾。用于肾阴亏损，头晕耳鸣，腰膝酸软，骨蒸潮热、盗汗遗精。这个功效说明除了中医大夫，有多少人能看懂？很多人是根本搞不明白的。但是现在对六味地黄丸的研究发现，它可以治疗100多种疾病，而且这方面的研究还在持续，不仅是中医学界对六味地黄丸研究热情高，连许多现代医药学家也加入到研究对队中来，这也说明六味地黄丸的价值确实很高。这么好的药，如何能让普通人方便认识和使用，是我们需要去努力的，当然这是个很大的工程，只有在对中医药充分研究的基础上，精通中国传统文化和中医药理论才有可能去推进这个工作。但是我们必需要去做，不能因为难就放弃。

其次，要借助现代科技，创新创造经方药的新剂型，改变服用不便、服用量大、口感差等传统中药剂型的不足。经常有媒体报道中国人到日本买药，那是因为人家的药确实做的好，包括在剂型上、外型以及口感上能满足消费者的需求。现在的科技发展日新月异，我们也有这个条件，在中药剂型方面，以及在中药的成分方面，做到更加人性化，便捷服用。仲景六味地黄丸之所以在市场中得到认知，大家可能知道我们的“药材好，药才好”，这是在药材上，用料地道。还有就是我们的浓缩丸剂型，服用量小、吸收快，更加适合现代人应用也是一个主要原因。这也是未来中药发展的方向，必须要跟上时代的变化，满足现代人的需求。

再其次，是要尽可能的搞明白中药的有效成分，发展创新中医药。我们的祖先也是在不断的实践应用中，逐渐认识了中药的气味归经，组方配伍。现代科技已能分析到物质的分子，原子，电子，中子层面，所以中医药也应该与时俱进，要通过现代科技尽可能搞明白成分，不只是定性，还要定量。如果没有这个研究，不说中药升级转型，就连现在的假冒伪劣的市场现象都难以解决。现在中药上指纹图谱，能分辨出地道药材与非地道药的内在品质，就是这方面的体现。

在传承中创新，在创新中发展，孙耀志认为这是中医药工业升级转型中应遵循的一个主导思想。他的观点也得到全国人大代表、中国工程院院士、中国中医科学院院长张伯礼的认同。从科学家到企业家，有着相对一致的认知，中医药工业的升级转型之路也许会少一些障碍吧。