杞菊地黄丸和明目地黄丸两者的药物成分存在区别，明目地黄丸中配伍了当归、白芍、蒺藜、煅石决明，养肝柔肝而明目，故其对于眼睛的治疗效果更为突出；而杞菊地黄丸则加大菊花的用量，重在补肾清肝明目。两者功效各所偏重，可根据自身情况灵活选用。